COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 19.589836 19.589836 20.207582
2021-03-16 17:00:00 18.734614 18.734614 20.120443
2021-03-15 17:00:00 25.538642 20.357547 20.098080
2021-03-14 17:00:00 20.723348 20.723348 20.037922
2021-03-13 17:00:00 21.032499 21.032499 19.991352
2021-03-12 17:00:00 22.719496 22.719496 19.897660
2021-03-11 17:00:00 19.991746 19.991746 19.859321

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 15.004936 15.004936 16.148679
2021-03-16 17:00:00 11.440907 11.440907 15.948686
2021-03-15 17:00:00 19.375736 19.375736 15.754880
2021-03-14 17:00:00 13.243132 13.243132 15.710278
2021-03-13 17:00:00 14.821677 14.821677 15.838995
2021-03-12 17:00:00 27.379054 27.379054 15.885399
2021-03-11 17:00:00 19.029734 19.029734 16.162779

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 17.573222 17.573222 17.126886
2021-03-16 17:00:00 17.510549 17.510549 16.973411
2021-03-15 17:00:00 15.914489 15.914489 16.800140
2021-03-14 17:00:00 18.434783 18.434783 16.673661
2021-03-13 17:00:00 20.176730 20.176730 16.572867
2021-03-12 17:00:00 15.807175 15.807175 16.492443
2021-03-11 17:00:00 15.680166 15.680166 16.451235

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 7.387141 9.969220 11.691696
2021-03-16 17:00:00 11.811622 11.811622 11.421055
2021-03-15 17:00:00 12.971985 12.971985 10.952776
2021-03-14 17:00:00 14.734774 14.734774 10.782152
2021-03-13 17:00:00 11.307566 11.307566 10.625651
2021-03-12 17:00:00 11.923378 11.923378 10.423327
2021-03-11 17:00:00 12.861137 10.721443 10.213839

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 20.120800 20.120800 19.154747
2021-03-16 17:00:00 18.226736 18.226736 19.160363
2021-03-15 17:00:00 25.372303 19.528755 19.093128
2021-03-14 17:00:00 18.928737 18.928737 18.858468
2021-03-13 17:00:00 17.786920 17.786920 18.816964
2021-03-12 17:00:00 23.473011 23.473011 18.659480
2021-03-11 17:00:00 17.080158 17.080158 18.502167

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 32.916328 32.916328 41.938109
2021-03-16 17:00:00 45.179975 45.179975 41.876024
2021-03-15 17:00:00 69.031311 69.031311 41.670868
2021-03-14 17:00:00 38.135486 38.135486 41.333177
2021-03-13 17:00:00 39.207868 39.207868 41.230299
2021-03-12 17:00:00 45.635910 45.635910 41.015501
2021-03-11 17:00:00 39.913019 39.913019 40.335238

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 20.836855 20.836855 21.614053
2021-03-16 17:00:00 22.414943 22.414943 21.686512
2021-03-15 17:00:00 25.945241 25.945241 21.786422
2021-03-14 17:00:00 18.431492 18.431492 21.790260
2021-03-13 17:00:00 23.164803 23.164803 21.759324
2021-03-12 17:00:00 20.450716 20.450716 21.701129
2021-03-11 17:00:00 21.973392 21.973392 21.557503

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 7.765943 7.765943 7.742954
2021-03-16 17:00:00 7.007443 7.007443 7.725358
2021-03-15 17:00:00 15.430983 7.053637 7.613216
2021-03-14 17:00:00 8.408353 8.408353 7.568749
2021-03-13 17:00:00 8.648228 8.648228 7.489591
2021-03-12 17:00:00 7.985638 7.985638 7.425644
2021-03-11 17:00:00 7.791870 7.791870 7.418698

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 11.358811 11.358811 12.360306
2021-03-16 17:00:00 13.061691 13.061691 12.243438
2021-03-15 17:00:00 18.701700 9.210276 12.039689
2021-03-14 17:00:00 15.696822 15.696822 12.106000
2021-03-13 17:00:00 11.677444 11.677444 12.034325
2021-03-12 17:00:00 14.376771 14.376771 12.039805
2021-03-11 17:00:00 13.115285 13.115285 12.114918

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 32.990448 32.990448 34.795473
2021-03-16 17:00:00 37.497786 37.497786 34.885789
2021-03-15 17:00:00 29.972565 29.972565 34.709020
2021-03-14 17:00:00 33.177677 33.177677 34.550696
2021-03-13 17:00:00 36.891909 36.891909 34.505537
2021-03-12 17:00:00 37.836858 37.836858 34.313160
2021-03-11 17:00:00 34.705987 34.705987 34.078539

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 18.476149 18.476149 18.671056
2021-03-16 17:00:00 15.549677 15.549677 18.370855
2021-03-15 17:00:00 33.173461 11.202591 18.607780
2021-03-14 17:00:00 16.979052 16.979052 18.951945
2021-03-13 17:00:00 26.448030 26.448030 19.084072
2021-03-12 17:00:00 24.461237 24.461237 19.334085
2021-03-11 17:00:00 21.284955 21.284955 19.617128

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 7.519531 7.519531 7.548337
2021-03-16 17:00:00 3.564356 3.564356 7.647163
2021-03-15 17:00:00 10.493827 2.298851 7.820875
2021-03-14 17:00:00 6.280193 6.280193 7.978188
2021-03-13 17:00:00 13.282248 13.282248 8.089767
2021-03-12 17:00:00 8.488372 8.488372 8.602033
2021-03-11 17:00:00 12.068966 12.068966 8.762233

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 45.533141 45.533141 57.211583
2021-03-16 17:00:00 67.829457 67.829457 58.447851
2021-03-15 17:00:00 22.413793 63.187856 58.834644
2021-03-14 17:00:00 52.551020 52.551020 57.027538
2021-03-13 17:00:00 58.653846 58.653846 59.345138
2021-03-12 17:00:00 54.646840 54.646840 59.939771
2021-03-11 17:00:00 66.123779 66.123779 60.060112

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 75.197889 75.197889 58.686074
2021-03-16 17:00:00 40.860215 40.860215 58.377979
2021-03-15 17:00:00 28.260870 28.260870 60.419156
2021-03-14 17:00:00 61.486486 61.486486 60.876974
2021-03-13 17:00:00 71.556886 71.556886 61.020585
2021-03-12 17:00:00 68.872549 68.872549 61.310088
2021-03-11 17:00:00 72.834646 72.834646 61.633354

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 24.038072 24.038072 19.951986
2021-03-16 17:00:00 19.542071 19.542071 19.904105
2021-03-15 17:00:00 37.174563 17.297190 19.564577
2021-03-14 17:00:00 23.423148 15.492102 19.630076
2021-03-13 17:00:00 20.715794 20.715794 19.568001
2021-03-12 17:00:00 28.531073 20.202611 19.744777
2021-03-11 17:00:00 21.996969 21.996969 20.256196

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 24.053267 24.053267 25.186923
2021-03-16 17:00:00 18.383673 18.383673 25.131396
2021-03-15 17:00:00 24.791956 26.361250 25.858868
2021-03-14 17:00:00 58.254628 26.313993 26.582139
2021-03-13 17:00:00 29.010239 29.010239 27.068156
2021-03-12 17:00:00 28.808055 28.808055 27.446649
2021-03-11 17:00:00 28.546471 28.546471 27.949804

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 4.435873 4.435873 4.511301
2021-03-16 17:00:00 3.451289 3.809065 4.518252
2021-03-15 17:00:00 7.177498 3.569706 4.468099
2021-03-14 17:00:00 6.406080 5.694981 4.477446
2021-03-13 17:00:00 4.956689 4.956689 4.451915
2021-03-12 17:00:00 4.535730 4.535730 4.398120
2021-03-11 17:00:00 6.037736 6.037736 4.378348

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 13.344710 15.745495 13.430302
2021-03-16 17:00:00 12.552477 12.552477 13.410523
2021-03-15 17:00:00 11.451719 11.451719 13.330668
2021-03-14 17:00:00 14.359335 14.359335 13.283154
2021-03-13 17:00:00 12.940474 12.940474 13.237420
2021-03-12 17:00:00 13.070260 13.070260 13.160696
2021-03-11 17:00:00 13.686354 13.686354 13.093819

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 12.284420 12.284420 11.537560
2021-03-16 17:00:00 13.289993 13.289993 11.423677
2021-03-15 17:00:00 17.494464 11.443340 11.289566
2021-03-14 17:00:00 11.927612 11.927612 11.142311
2021-03-13 17:00:00 11.246819 11.246819 11.000558
2021-03-12 17:00:00 10.897543 10.897543 10.846610
2021-03-11 17:00:00 9.880853 9.880853 10.692261

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 33.997901 33.997901 23.276491
2021-03-16 17:00:00 17.588496 17.588496 23.038164
2021-03-15 17:00:00 43.708609 7.108239 23.376635
2021-03-14 17:00:00 30.963303 30.963303 23.652881
2021-03-13 17:00:00 24.257426 24.257426 23.982176
2021-03-12 17:00:00 21.303502 21.303502 24.500350
2021-03-11 17:00:00 28.818737 28.818737 24.961185

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 10.698690 13.733906 15.147919
2021-03-16 17:00:00 8.304498 8.304498 14.516371
2021-03-15 17:00:00 65.454545 65.454545 14.949845
2021-03-14 17:00:00 18.784530 18.784530 14.005262
2021-03-13 17:00:00 11.923077 11.923077 13.041313
2021-03-12 17:00:00 23.728814 23.728814 12.737240
2021-03-11 17:00:00 16.019417 16.019417 12.272224

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-17 17:00:00 36.328967 36.328967 29.690398
2021-03-16 17:00:00 28.162963 28.162963 29.693177
2021-03-15 17:00:00 26.791972 15.367748 30.562129
2021-03-14 17:00:00 34.313514 34.313514 30.902310
2021-03-13 17:00:00 35.537300 29.545034 31.072572
2021-03-12 17:00:00 34.810811 34.810811 31.467756
2021-03-11 17:00:00 31.084337 31.084337 31.912777

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 15.004936 15.004936 16.148679
Basilicata 17.573222 17.573222 17.126886
Calabria 7.387141 9.969220 11.691696
Campania 20.120800 20.120800 19.154747
Emilia-Romagna 32.916328 32.916328 41.938109
Friuli Venezia Giulia 20.836855 20.836855 21.614053
Lazio 7.765943 7.765943 7.742954
Liguria 11.358811 11.358811 12.360306
Lombardia 32.990448 32.990448 34.795473
Marche 18.476149 18.476149 18.671056
Molise 7.519531 7.519531 7.548337
P.A. Bolzano 45.533141 45.533141 57.211583
P.A. Trento 75.197889 75.197889 58.686074
Piemonte 24.038072 24.038072 19.951986
Puglia 24.053267 24.053267 25.186923
Sardegna 4.435873 4.435873 4.511301
Sicilia 13.344710 15.745495 13.430302
Toscana 12.284420 12.284420 11.537560
Umbria 33.997901 33.997901 23.276491
Valle d'Aosta 10.698690 13.733906 15.147919
Veneto 36.328967 36.328967 29.690398

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Wed Mar 17 17:47:44 2021 revision 227, 53689d4